Wystawa Sztuka Sakralna Nowożytnego Torunia znajduje się w sali dawnej kancelarii, zwanej również ze względu na umieszczone na suficie iluzjonistyczne malowidła – Salą pod Plafonem. Na ekspozycji prezentowane są naczynia i sprzęty liturgiczne, obiekty malarstwa, snycerki, rzeźby kamienne pochodzące z toruńskich kościołów protestanckich lub katolickich oraz o nieznanej proweniencji. Stanowią one dowód trudnej historii miasta i jego świątyń, w których przez wieki funkcjonowali obok siebie protestanci i katolicy