Na wystawie prezentowanych jest 45 kwater powstałych w XIV wieku i jest to tylko niewielka część produkcji toruńskich warsztatów, która przeznaczona była do wyposażenia kościołów Torunia, Ziemi Chełmińskiej i Pomorza. Stanowią unikalną kolekcję w polskim muzealnictwie. W jej skład wchodzą trzy zespoły witraży pochodzące z dwóch toruńskich kościołów klasztornych: oo. Dominikanów pw. św. Mikołaja, oo. Franciszkanów pw. Najświętszej Marii Panny oraz kościoła parafialnego w Chełmnie pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Witraże, oprócz praktycznego znaczenia, pełniły także funkcje dydaktyczno-estetyczne. Przedstawiane sceny najczęściej ilustrowały Pismo Święte, apokryfy (pisma, które nie należały do kanonu Pisma Świętego) oraz żywoty świętych układanych w określone cykle.