Równie ważne miejsce na wystawie jak zbiór ceramiki chińskiej, zajmuje zbiór ceramiki japońskiej. Porcelana japońska była bardzo poszukiwana przez europejskich kolekcjonerów szczególnie w XVIII wieku. W toruńskich zbiorach znajdują się cenne naczynia pochodzenia chińskiego i japońskiego, posiadające numery inwentarzowe sławnej drezdeńskiej kolekcji króla Augusta II Mocnego. Zbiór ten był uznawany za jedną z największych i najbardziej liczących się kolekcji porcelany w Europie. Wśród japońskich eksponatów przeważają talerze z dekoracją typu imari. Malowane są one podszkliwnie kobaltem, dającym niebieski kolor oraz naszkliwnie czerwienią żelazową i złotem. Głównym motywem, jaki pojawia się na tych naczyniach, są kwiaty w wazonie stojącym na deskach werandy.