Powszechnie (red. kościół) kojarzył się z Niemcami. Zdziwiliśmy się więc niepomiernie, kiedy gruchnęła wieść, że Niemcy chcą go zburzyć. Był to rok 1940. Lud momentalnie znalazł wytłumaczenie dla tego niesłychanego zamiaru. Pierwsze publiczne egzekucje, od których hitlerowcy zaczęli swoją ludobójczą działalność, odbyły się na Starym Rynku, właśnie przed kościołem pojezuickim. Przejęty zgrozą lud opowiadał sobie, że któryś z zabitych padając oparł się skrwawioną ręką o ścianę Muzeum Miejskiego i że tego krwawego śladu nie można wykuć ani wywabić, bo wciąż się odnawia. Nie istniejące już dzisiaj muzeum było jednym z gmachów pojezuickich i bezpośrednio sąsiadowało z kościołem, tworząc wespół z nim (i z innymi jeszcze gmachami, położonymi po drugiej stronie kościoła) zachodnią pierzeję Rynku. Te łotry chcą wszystko zburzyć, żeby zatrzeć ślady swoich zbrodni – orzekł lud. Kreisleiter Kampe podawał inny motyw swojej decyzji. Twierdził, że tak duże miasto powinno mieć okazały ratusz, a ten może stanąć tylko na miejscu kościoła oraz przylegających do niego budynków. Innymi słowy: jedynym miejscem stosownym dla bydgoskiego ratusza jest cała zachodnia krawędź Rynku.
(…) Był już przerażającą ruiną, gdy na rozkaz władz sfotografowano go, a zdjęcie opublikowano w całej Rzeszy jako świadectwo brytyjskiego barbarzyństwa. Anglicy bombardują kościoły! (na zdjęciu dowód niezbity.) Tymczasem kościół się bronił. W swoich dolnych partiach mury okazały się tak potężne, że jeszcze latam 1940 trudzono się rozszarpywaniem budowli. Na próżno. Wówczas wezwano na pomoc Technische Nothilfe. Ta wysadziła resztki 19 VIII 1940. Być może warto zachować dla potomności nazwisko człowieka, który operacją kierował: regierungsbaurat Reimer. Kto by sądził, że po dokonaniu tego dzieła miasto otrzymało nowy ratusz, bardzo by się pomylił. Nie ma go do dziś. Pamiątką po kościele Św. Ignacego jest wizerunek Najświętszej Marii Panny, wyjęty z ołtarza, ocalony podczas wojny, obecnie w kościele Św. Piotra i Pawła na pl. Wolności.