Miejscowość Płużnica prawdopodobnie powstała już w XII wieku. Na początku, przed rokiem 1230, była częścią parafii w Papowie Biskupim. Niezależna parafia została utworzona tu jeszcze przed przybyciem Krzyżaków na ziemię chełmińską. Kościół w Płużnicy jest dedykowany św. Małgorzacie i to wezwanie istnieje co najmniej od 1647 roku. Istnieją również przypuszczenia, że wcześniej kościół mógł być poświęcony św. Bartłomiejowi, którego figura kiedyś znajdowała się w pobliżu świątyni. W 1647 roku istniejący budynek szkolny w parafii uległ zniszczeniu.
Sam kościół został wzniesiony na początku XIV wieku, ale jego wnętrze zostało przekształcone w XVIII wieku. W 1896 roku dodano drewnianą wieżę, która przetrwała do 1951 roku. W XIX wieku wzniesiono także drewnianą dzwonnicę, która obecnie już nie istnieje. W okresie II wojny światowej, w 1943 roku, hitlerowcy zrabowali archiwa parafialne, w tym księgi chrztów sprzed 1900 roku, ślubów sprzed 1939 roku i pogrzebów sprzed 1887 roku. Wywieźli również dwa dzwony. W 1896 roku do nawy od strony zachodniej dobudowano drewnianą wieżę, która jednak została rozebrana w 1951 roku. Obecna murowana wieża na planie kwadratu została wzniesiona w latach 1972-1977. Jej dach ma formę hełmu i pokryty jest miedzianą blachą, prezentując styl neobarokowy.
Kościół w Płużnicy zbudowany jest w stylu gotyckim i usytuowany w centrum wsi, na niewielkim wzniesieniu, przy skrzyżowaniu dróg Wąbrzeźno - Chełmno (wschód - zachód) i Błędowo - Świętosław (północ - południe). Wzniesiono go na planie prostokąta. Jest otoczony kamiennym murem, a na jego terenie znajduje się parafialny cmentarz. Niedaleko kościoła stoi budynek plebanii. Kościół jest orientowany, zbudowany z kamienia. Jedynie szczyt i portale zostały wykonane z cegły. Kościół ma dwa oddzielne dachy - jeden nad głównym budynkiem i drugi nad prezbiterium. Oba dachy są dwuspadowe.. Nad zakrystią jest dach pulpitowy, który jest kontynuacją dachu prezbiterium. Kaplica ma dach dwuspadowy. Główny budynek kościoła, czyli korpus, jest szerszy i wyższy niż prezbiterium. Między prezbiterium a nawą znajduje się trójkątny szczyt z małą wieżyczką, a na bokach tego szczytu jest siedem małych elementów ozdobnych. Prezbiterium ma prostą górną część ściany, a nad nią jest trójkątny szczyt. Zachodnia część korpusu jest połączona z wieżą. Cały kościół na zewnątrz ma skarpy, czyli wybrzuszenia na ścianach, które nadają mu charakterystyczny wygląd. Wieża jest kwadratowa i ma niskie przybudówki po bokach. Fundamenty są z kamienia polnego, a wieża jest zbudowana z kamienia łamanego, z użyciem cegły. Ściany wieży są z pełnej cegły, a na nich są ozdobne gzymsy i występy, które są nałożone na zaprawie z cementu i wapna.
Wewnątrz kościoła strop nad częścią nawową jest płaski i opiera się na łukach wspartych na bocznych ścianach. W prezbiterium jest pozorne sklepienie kolebkowe. Zakrystia ma sklepienie kolebkowe, a w kaplicy jest płaski strop wyłożony boazerią. W kruchcie wejściowej jest sklepienie krzyżowe. Więźba dachowa jest drewniana, z krokwiowo-jętkową konstrukcją. Dachy pokryte są dachówką typu mnich/mniszka. Do nawy od strony południowej przylega kruchta, która obecnie pełni funkcję kaplicy, a do prezbiterium zakrystia. W kruchcie, pod wieżą, znajduje się ostrołukowy portal, który wcześniej pełnił rolę głównego wejścia do kościoła.[1]
Wnętrze kościoła pierwotnie miało charakter gotycki, ale w XVIII wieku zostało przekształcone na styl barokowy. Nawa jest nakryta stropem ozdobionym późno barokową polichromią z 2. połowy XVIII wieku, a prezbiterium ma pozorne sklepienie kolebkowe. Wewnątrz występują różne rodzaje podłóg. W kruchcie wejściowej, nawie i prezbiterium znajduje się posadzka wykonana z marmuru. W kaplicy natomiast posadzka jest zrobiona z betonu. W zakrystiach przy prezbiterium i przy wieży podłoga jest wyłożona płytkami ceramicznymi. Na chórze znajduje się biała drewniana podłoga. Jeśli chodzi o schody, to stopnie wejściowe do zakrystii przy prezbiterium są betonowe. Wewnątrz kościoła znajdują się trzy betonowe stopnie, które są wyposażone w metalową poręcz. Są one dwubiegowe, co oznacza, że mają dwie części schodów z podestem pomiędzy nimi, także zrobionym z betonu. Wystrój wnętrza reprezentuje style późnobarokowy i rokokowy, pochodzący z XVIII wieku. Przykłady to ołtarze główny i boczne, ambona, chrzcielnica, oraz grupa Ukrzyżowania umieszczona na belce tęczowej, a także polichromia na stropie. Najstarszymi zabytkami są gotycka kropielnica i krucyfiks, które powstały na przełomie XIII i XIV wieku.
[1] Zob. tamże, s. 142.